Nei locali che si affacciano sul loggiato cinquecentesco è stato allestito, proprio dove un tempo aveva sede il famoso Scriptorium, il Museo dell'Abbazia di San Colombano che dal 1997 risulta ampiamente ristrutturato.
Gli interessanti reperti riguardano il periodo compreso tra l'epoca romana e quella rinascimentale, testimonianze della trascorsa vita artistica, religiosa e culturale di Bobbio.
Reperti di epoca romana ritrovati nell'area bobbiese sono le anfore e i tubi in cotto dell'acquedotto che già in epoca tardo-romana alimentava le condotte idriche del luogo, l'arca sepolcrale della famiglia Cocceia (IV sec.), l'ara di Diana (III sec).
Il nucleo senz'altro più consistente è rappresentato da magnifiche pietre longobarde e carolinge, riccamente lavorate con motivi floreali e geometrici, artistici capitelli, colonnine di marmo e arenaria che facevano parte dell'arredo liturgico dell'antica basilica.
Numerosi frammenti lapidei conservati meritano una particolare attenzione in quanto rappresentano veri e propri documenti storici sulla presenza e sulla permanenza della cultura longobarda nell'area dell'Italia settentrionale.
Uno dei pezzi più noti e studiati del Museo è la lapide sepolcrale di Cumiano (VIII sec.), donata all'abate di Bobbio dal re longobardo Liutprando.
In una vetrina è conservata la preziosa teca d'avorio (III -IV sec.) di area siriaco-palestinese, nella cui decorazione è rappresentato Orfeo, personaggio della mitologia greca, intento a suonare la lira attorniato da un moltitudine di animali reali e fantastci.
Altro prezioso oggetto la grande idria di alabastro (III-IV) donata al monastero probabilmente dal papa Onorio I, la tradizione la vuole legata al miracolo delle Nozze di Cana ma è un'ipotesi suggestiva quanto infondata.
Ampio spazio è dedicato agli oggetti devozionali, le ampolle palestinesi (VI sec.) riccamente istoriate, con le quali i pellegrini portavano in Occidente l'olio della Terrasanta, e le eulogie (VI-IX sec.), rinvenute insieme al mosaico pavimentale della basilica di San Colombano, durante i lavori di risistemazione della cripta nel 1911.
Un'intera sezione del museo è occupata da reliquari e supellettili, tra questi il coltello, la coppa e il cucchiaio ritenuti dalla tradizione appartenenti a San Colombano.
Nella pinacoteca, tra i pezzi più importanti sicuramente il grande Polittico di Bernardino Luini del 1522, che rappresenta uno degli esempi più compiuti di influssi rinascimentali a Bobbio, e una tela di Bernardino Lanzani che raffigura la natività.